El Rector, es la suprema autoridad universitaria. Su principal objetivo es cuidar el cumplimiento de los fines de la Universidad a través de las atribuciones que posee. Dirigir y coordinar la realización de las funciones y actividades del quehacer académico y administrativo, así como las de servicios que promuevan al desarrollo de la región y el Estado de Oaxaca.

El Vice-Rector Académico coordina y supervisa las actividades para la planeación, programación, desarrollo, control y evaluación de las funciones de docencia e investigación, así como actividades de difusión y promoción del desarrollo, conforme a lo establecido en la normatividad universitaria.

El Vice-Rector Administrativo es el encargado de dirigir, coordinar y supervisar la administración de los recursos humanos, materiales y financieros, así como la prestación de servicios generales que sean necesarios, conforme a las normas y procedimientos establecidos en la legislación universitaria, para el desarrollo adecuado de las funciones institucionales.