En la Universidad del Istmo, no cobra cuotas de inscripción, reinscripción, ni colegiaturas mensuales; además, ofrece tres tipos de apoyos:
Implica exentar a un número ilimitado de alumnos del pago total o parcial de servicios educativos (25%, 50%, 75% o 100%). La beca se aplica al pago de colegiaturas, reinscripción, examen extraordinario, examen especial y constancia de estudios. La actualización del porcentaje se realiza cada semestre.
Implica otorgar a un número limitado de alumnos, desayuno y comida de lunes a viernes según su situación económica y la disponibilidad de la beca en la Universidad.
El Consejo Nacional de Humanidades, Ciencias y Tecnologías formula y financia programas de becas y, en general, brinda apoyo para la formación de investigadores y científicos en sus diversas modalidades, así como también integra la información de los programas de becas que ofrezcan otras instituciones nacionales, organismos internacionales y gobiernos extranjeros.
De acuerdo a las convocatorias recibidas o vigentes de diversas Instituciones y a la solicitud de los alumnos, se les apoya en la expedición de constancias u otros documentos solicitados por ejemplo para becas de Vinculación, de Servicio Social, de Titulación y alguna estatal.